A côte d'hybrides et d'anomalies de coloration, un bon observateur peut trouver des plantes plus ou moins malformées. Dans ce cas ce sont des anomalies de structure qui apparaissent le plus souvent sur les organes des fleurs, mais rarement aussi sur toute la plante. Alors que hybrides et défection de coloration proviennent généralement d'une défection génétique, les malformations sont souvent à attribuer aux insectes qui abîment les boutons, au piétinement du bétouil, ou au gel printanier. Dans ce cas il ne s'agit souvent que d'une seule fleur sur la plante concernée. Par contre, lorsque toutes les fleurs d'une plante, ou même de plusieures plantes, présentent le même défault, dans un même rayon du site se répétant chaque année, on peut conclure qu'il s'agit d'une défection génétique, qui entroûne cette malformation. Exemples: Ophrys incubacea et Gymnadenia conopsea.

Quand les fleurs sont malformées, la plupart du temps une multiplication est impossible. Ces phénomènes sont en général des cas uniques qui disparaissent après la mort de la plante et qui peuvent réapparaître à d'autres endroits et sous d'autres formes. Il y a une exeption chez les espèces qui font de l'autopollénisation (Autogamie), il n'y aurait donc pas de problème pour attirer le pollénisateur. Dans ce cas on peut voir comme pour Ophrys apifera où il y a des formes "abberantes" qui sont dénommés par plusieurs autres comme sous-espèces. Exemples: Ophrys apifera ssp. botteronii et Ophrys apifera ssp. aurita.

Les anomalies de structures possibles sont très diverses. Quelques-unes sont assorties parmi les exemples reproduits. Celles qui s'observent le plus souvent pour défection de la fleur peuvent se retrouver avec une malformation de toute la fleur (Ophrys bombyliflora) et atrophiation du label, ou double label (Orchis palustris, Ophrys lutea). Quelquefois le label est inéxistant, ou remplacée par un sépale de même forme que les sépales latéraux, ou sépale et pétale sont symétriques comme chez le lys (Ophrys mammosa, Ophrys sphegodes), ou les deux s'orientent vers le bas (Ophrys holoserica). Dans de rares cas sépales et pétales ont presque les mêmes dessins et colorations que le label. Exemple: Ophrys garganica.

Pour les malformations de l'inflorescence, celle-ci peut être courbée (Listera ovata, Ophrys archipelagi), oubien les labels sont dirigés dans la fausse direction vers le haut (Orchis purpurea, Orchis mascula). Dans ce dernier cas, la plante a perdu la possibilité de tourner les fleurs par une défection génétique, la-dite resupination, ce qui veut dire la double torsion du bouton à l'éclasion de la fleur. Il faut savoir que les fleurs d'orchidées sont à l'envers lorsque le bouton est encore fermé, donc le label dirigé vers le haut. Chez la plupart des espèces, mais pas chez toutes, lors de la phase de développement, les fleurs se tournent de 180° de facon à ce que le label se trouve orienté vers le bas. Il arrive très rarement que la hampe florale est fourchue ou des hampes florales sont sans aucune fleur (Gymnadenia conopsea).